请教老师:我一共找到4个GSE数据集,分别以GSE1、GSE2、GSE3、GSE4代替,其中GSE1、GSE2、GSE3是同一个GPL,GSE4是另外一个GPL, 我该怎么分析?把GSE1、GSE2、GSE3提取原始数据,合成一个,然后与GSE4分别计算差异基因,二者取交集?谢谢

请先 登录 后评论

1 个回答

凌云月 - 医生

sva包可以去批次效应合并四个数据集进行差异分析。也可以四个分别进行用limma包进行差异分析后,用RRA算吗合并四个差异分析结果,找到最佳的差异gene list。

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,2117 浏览
  • wangfeifei 提出于 2019-07-27 15:08

相似问题