凌云月
凌云月 - 医生

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13 个回答

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miRNA数据选用哪种方法归一化?

voom 或者 TMM 

回答于 2019-08-31 20:35

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老师您好,我想问一下做免疫浸润必须用所有基因的表达谱吗?可以...

大部分的免疫浸润算法要求全部gene symbol。你可以关注免疫浸润细胞在某些基因表达高低差别。

回答于 2019-08-31 20:34

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为什么我用用生信人box里的插件一步一步分析的数据会没有差异基...

应该把你做的过程展示出来,注意提问技巧。

回答于 2019-08-31 20:32

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请教老师:我一共找到4个GSE数据集,分别以GSE1、GSE2、GSE3、GS...

sva包可以去批次效应合并四个数据集进行差异分析。也可以四个分别进行用limma包进行差异分析后,用RRA算吗合并四个差异分析结果,找到最佳的差异gene list。

回答于 2019-08-31 20:31

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请问怎么批量把Gen bank转化为基因名?

biomart包

回答于 2019-08-31 20:29

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CGTA 甲基化数据分析,用python方便吗,支持的工具有哪些啊?

不建议用Python ,从tcga官方下载甲基化的txt数据,合并的预处理可以用Python 。但是后续的分析还是建议用R。比如CHAMP包等等。

回答于 2019-08-31 20:26

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下载的GEO illumina芯片表达矩阵数据,有的表达值是负值,做不了...

scale,如果感觉颜色变化不大,自己定义值区间范围。

回答于 2019-08-31 20:24

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COBERSORT 网页版无法正常上传数据,R包申请无回复。求R包或者其...

github上有人公开了相应R脚本,虽然官方是不允许这样做,但是用的时候一定要记住引用原始开发者的相应的文章。

回答于 2019-08-31 20:23

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请问log2FC的值取大于0.5可以吗

可以,这个标准由自己定,在神经系统方面,微小的变化都会产生效应。另外自己注意看看芯片数据是不是有批次效应,如果不去除批次效应,计算差异gene可能存在问题。

回答于 2019-08-31 20:22

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老师,GPL18109重注释问题

GPL18109 中不是已经提供探针序列了  用桑格助手的序列比对seqmap  进行重注释,或者自己安装seqmap 比对   或者其他比对软件。

回答于 2019-08-31 17:21