简易TCGA下载工具使用教程

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据;另外,对于RNA-seq,methyarray,miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块,并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程,希望可以帮助大家快速,批量下载TCGA数据。

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  • Fei
  • 发布于 2017-03-28 20:11
  • 阅读 ( 38284 )

SangerBox 永久下载地址(原生信人工具盒)

SangerBox 新一代数据分析盒子,集成常见的傻瓜式数据分析软件,让你轻松做分析。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:15
  • 阅读 ( 97470 )

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析,寻找特定表型的分子特征。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-04 10:53
  • 阅读 ( 27756 )

NCBI SRA数据库使用详解

做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA(Seque...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:40
  • 阅读 ( 33899 )

GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例: 首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本,我们选择MINiML格式的数据(软件只支持该格式),下载完: 然后我们将该文件导入到软件中: 从图...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-10 10:57
  • 阅读 ( 46225 )

你知道桑格组手公众号怎么查询即时影响因子了吗

好久没有更新公众号的杂志影响因子查询的功能了,最近做了一下改版,主要有两个方面: 1、优化了搜索方式,之前是需要输入完整的杂志名称才能查影响因子及分区,现在支持模糊搜索啦,比如搜索p...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-11-26 20:00
  • 阅读 ( 36995 )

用公共数据库数据不做实验也能发五分以上文章套路

事实上很多院校对SR、OT都嗤之以鼻,但是今年oncotarget竟然逆势上涨,小编又不小心关注了一下,刚好看到一篇比较简单适合新手入手的文章,今天就来聊一聊这篇不做实验依然发五分以上文章的套路。 这篇文章是去年十月份发表在oncotarget上的题目是:A seven-gene signature predicts overall survival of patients with colorectal cancer

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-26 16:35
  • 阅读 ( 10575 )

SangerBox使用配置详注

非常好用的sangerbox终于上线了,集成几十款小工具,让你轻松做科研

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-12 18:10
  • 阅读 ( 39501 )

GEO和TCGA数据库挖掘文章思路!

TCGA、GEO、GSEA富集分析套路解析!

如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因,这个方法绝对能够帮助你事半功倍 首先假设你已经找到了一套数据GSE32323 这套数据共包含44个样本,其中有17个配对的癌与...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-28 10:48
  • 阅读 ( 56737 )

测序简史

一文从一代到最新的测序技术,希望能够帮助你。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-07-25 17:46
  • 阅读 ( 9468 )

如何快速的查询某学者的基金项目列表

用Sangerbox公众号,便捷快速。 近日公众号上线了新功能,可以根据人名或者人名+单位 就能检索此人的所有基金项目哦 此外还能预测与此人的亲密合作伙伴呢

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-12-13 11:07
  • 阅读 ( 7457 )

这应该是史上最简单好用的GSEA富集分析工具了

GSEA是什么,这个请自行百度,在使用之前要知道GSEA是啥 然后上工具截图: 一般情况下咱们要做GSEA需要准备三个文件 1、gct格式的表达谱 2、分组文件 3、富集的背景文件,也就是gmt格式的...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-19 10:12
  • 阅读 ( 48311 )

TCGA和ICGC规定的44种癌症的简称和全称

不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive c...

桑格助手公众号使用攻略

推荐一个灰常灰常好用的微信服务号

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  • 调研图
  • 发布于 2018-07-03 15:12
  • 阅读 ( 19394 )

拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子

刚写了一篇如何用GEO数据来做差异的例子如:https://www.shengxin.ren/article/207 这次来用TCGA的肝癌的数据来演示以下,我们选择大家比较喜欢的RNA-Seq Counts数据 使用TCGA简易下载工具选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 20:27
  • 阅读 ( 27381 )

那些年画过的热图之pheatmap美化过程

在基因的表达模式分析中,我们往往需要对多个基因表达数据进行可视化处理,使得我们所关注的基因在不同样本中表达情况一目了然。在日常研究中,我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求,进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-26 20:57
  • 阅读 ( 41579 )

你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA新版数据下载之前有很多教程,但是都不是特别方便,这里属性就给大家写一个很方便的下载工具,总共7M,下载即用免安装,还支持断点续传。

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  • 生信人
  • 发布于 2017-03-31 14:01
  • 阅读 ( 24205 )

简易TCGA下载工具V8版升级简要说明

简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-10 19:03
  • 阅读 ( 21261 )

TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周,有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据,也有部分同志反应了一些问题,也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本,经过六次的更新,也解决了不少在极端情况下的下载使用问题,现在总结一下问的比较多的软件问题

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-04-11 20:46
  • 阅读 ( 9314 )