TCGA数据库

博士磕磕绊绊读到了第三年~ 终于进入了出成果的阶段了,也对生信这个学科建立了一些系统的理解,觉得应该做一些系统的梳理和记录了(虽然这个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从...

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  • cyn-111
  • 发布于 2021-01-19 01:02
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RNA pull down实验原理及操作步骤

RNA pull down原理-先将体外转录的RNA结合到Beads上,再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后,用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来,之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白,还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。

ORCID 注册和使用

学术活动是一个连续的、长时间的活动,那么怎样才能将你的所有研究活动关联在一起呢?这里就需要用到一个【学术身份证】——即ORCID,你所有的国外投稿都是需要用到这样一个系统的,今天,小编就...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2021-05-05 13:12
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如何做一个发表级的单基因在泛癌中的表达差异分析

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达,这是一个万能钥匙,因为如果这个基因只在你研究的肿瘤中差异表达的话说明了特异性,如果他在大多数...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-04 15:37
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KaplanMeier生存曲线绘制工具

在临床研究中,生存曲线(又称Kaplan-Meier曲线)是最常用图片之一,旨在描述各组患者的生存状况。一张漂亮的、专业的生存曲线图不仅可以令编辑、读者和审稿专家眼前一亮,同时也能为论文增色不...

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  • 发布于 2021-06-24 10:22
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火山图快速绘制工具

火山图是差异分析中最直观的可视化方式,通过火山图可以直观的观察到表达倍数的整体分布和差异显著性的整体分布,因此是做差异分析必备的可视化方式之一 在这里我们开发了简易版本的火山图绘制...

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  • 发布于 2021-07-14 17:40
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一键式的批量生存分析工具

对于表达谱数据,我们经常需要批量的筛选与肿瘤预后显著相关的基因,在这里我们开发了一个可以批量计算 每个基因与预后相关的工具,界面极简化,傻瓜式操作,如下: 完成后,点击载入结果...

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  • 发布于 2021-07-26 18:19
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分边小提琴图绘制工具

分边小提琴图(Split violin plot)类似于分组小提琴图,但更便于进行两两(类似癌与癌旁、处理和对照、预后差和好等)比较,如下图 本工具旨在快速简易的绘制分边小提琴图,采用的是 长数据...

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  • 发布于 2021-06-28 17:08
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WGCNA 一键式分析工具

加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基...

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  • 发布于 2021-08-28 12:06
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制霉菌素 | 1400-61-9 | Nystatin | 瑞威尔生物科技

中文别名: 米可定; 制霉素; 米可定,制霉素; 制霉素(标准品); NystatinUSP, ≥ 4400 u/mg (Potency anhydrous); 制霉菌素 1G; 制霉菌素; 制霉菌素(标准品); 制霉菌素/制真菌素/制霉素/米可定; N...

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  • 瑞威尔
  • 发布于 2021-03-16 22:12
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八种免疫浸润评分的简易计算工具

肿瘤免疫已经是热点中的热点,逐渐成为数据分析中的标准分析了,在这里我们封装了八种常见的免疫微环境评分的计算方法,界面非常简单,输入的是表达谱矩阵,行为基因,列为样本。 使用该工具是...

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  • admin
  • 发布于 2021-07-23 10:50
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如果做一个发表级的单基因在泛癌中的表达与预后的关系的森林图

众所周知,现阶段研究肿瘤基本离不开TCGA,研究单个基因的话更离不开单个基因在泛癌中的表达及与预后的关系。 在这里我们介绍一个傻瓜式的工具助你高效的分析,不用输入数据,鼠标点点点即可,...

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  • 发布于 2021-07-20 13:28
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RNAseq FPKM\TPM\Count相互转换及lncRNA提取工具

对于RNA-seq数据集,如TCGA RNA-seq,我们经常需要做一些转换,比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具,...

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  • 发布于 2021-08-19 10:47
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简易森林图绘制工具

这是一款非常简单的森林图绘制工具,和用Excel一样进行绘图,此外 通过控制行高和列高可以很方便的进行 绘图时的 单行高度和宽度调整 标准的可视化图如下: 几种小技巧 1、通过改变行...

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  • 发布于 2021-06-16 16:34
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单组或多组相关性散点图

计算两组数据的相关性,用散点图和拟合曲线可以完美展示数据内在的分布,在这里我们开发了相关性散点图的简易绘制工具,不仅可以支持单组数据,也支持多组数据绘制在一张图上或者绘制在多张图上...

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  • 发布于 2021-07-29 09:59
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Sangerbox 3.0:一站式的科研数据分析和写作投稿平台

从第一款简易TCGA下载工具开始,SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因,秉承简易、高效的原则,SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件,易上手,但是 在不同电...

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  • 发布于 2021-06-16 15:37
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转发:常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例

这篇文章详细介绍了 PCA、tSNE、UMAP,原始链接为:https://blog.csdn.net/qq_43337249/article/details/116612811 ,以下为备份 常见的降维方法基本原理及代码实例 0.前言:什么时候要降维聚...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2021-08-24 15:16
  • 阅读 ( 401 )

limma快速差异分析工具

当我们拿到表达谱数据之后,做差异分析之前,有两个关键信息需要确认,一个是 数据类型(芯片数据、FPKM、TPM、Count),一个是 哪些样本作为参照物,哪些样本作为 处理组样本,也就是 谁相对于...

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  • 发布于 2021-08-19 11:49
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基因集变异分析(GSVA)分析工具介绍

基因富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)需要预先有一个有生物学意义的基因集(如同一个通路中的基因),再将基因集内(具有相同意义/功能)的基因一并计算并归纳为单个富集分数。...

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  • 发布于 2021-09-30 11:49
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韦恩图快速绘制工具

韦恩图又称文氏图,是科研文章中最常见的图,可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。 在这里我们基于先前的研究集成了一个非常简单的韦恩图工具,使用该工具请引用文献:...

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  • admin
  • 发布于 2021-06-21 15:17
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