八种免疫浸润评分的简易计算工具

肿瘤免疫已经是热点中的热点,逐渐成为数据分析中的标准分析了,在这里我们封装了八种常见的免疫微环境评分的计算方法,界面非常简单,输入的是表达谱矩阵,行为基因,列为样本。 使用该工具是...

肿瘤免疫已经是热点中的热点,逐渐成为数据分析中的标准分析了,在这里我们封装了八种常见的免疫微环境评分的计算方法,界面非常简单,输入的是表达谱矩阵,行为基因(必须是人类的GeneSymbol),列为样本。

attachments-2021-07-ED5TSrJI60fa2ad802377.png使用该工具是非常简单的,结果也非常简单

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以上是整个工具,实在是没啥讲的,但是 要针对每个软件的结果进行解读就需要展开说明了,写作模板如下:

IOBR[DOI:10.3389/fimmu.2021.687975]是一款免疫肿瘤生物学研究的计算工具,在这里基于我们的表达谱使用R软件包IOBR选择了【CIBERSORT(DOI:10.1038/nmeth.3337),ESTIMATE (DOI:10.1038/ncomms3612) ,quanTIseq (DOI:10.1186/s13073-019-0638-6), TIMER(DOI:10.1186/s13059-016-1028-7), IPS:10.1016/j.celrep.2016.12.019,MCPCounter (DOI:10.1186/s13059-016-1070-5),xCell (DOI: 10.1186/s13059-017-1349-1) ,EPIC (DOI:10.7554/eLife.26476)】方法计算了每个样本的(XXX种)免疫浸润细胞评分。

每一种方法 展开 后 网上 都有 很多教程,请自行百度即可



  • 发表于 2021-07-23 10:50
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  • 分类:软件工具

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