小白做差异分析

如何利用生信人工具把坑踩完,完成筛选差异。

今天跟大家分享下小编使用GEO转化工具,DEC差异筛选工具,火山图工具,热图工具的试用经过。

(PS之前重来木有做过差异分析的我,完全利用小工具实现~~~)

视频版下载:https://pan.baidu.com/s/1i5tKlnv

昨天有一个学姐让我分析下GSE79737这套数据。

一、数据下载

首先打开GEO网站,搜索GSE79737,点击GPL16570 参考数据信息。

 

attachments-2017-10-Ta6KWA7R59e08187c45b3.png

可以知道,样本的第一列是探针信息,gene_assignment是比对上的基因id,不过比对上的id有很多种,这里需要用后面简单处理下。

 

attachments-2017-10-Pi1Hmqn859e0819850c70.png

 

按照教程下载

attachments-2017-10-E9igJUQz59e081a67780a.png二、格式转换

然后打开生信人GEO_Convert.exe工具。

 

attachments-2017-10-rHM07tzC59e081cde5e34.png

点击选择文件读入GSE79737_family.xml.tgz

 

attachments-2017-10-HrwsixEH59e081dd4c865.png

注意此处选择的时候,要看数据列是第二列(一般都是),然后看他其实是已经取过log了。

然后ID处要注意,选择刚才看到的gene_assignment列。

 

attachments-2017-10-TLsDkoBj59e081ec3d519.png

然后点击导出样本信息,导出数据矩阵。

 

attachments-2017-10-Z2AVDwPR59e081fb1168c.png

 

三、筛选差异

然后打开DECenter筛选差异。

并将刚才导出的数据矩阵,样本信息和输出目录选择好。

 

attachments-2017-10-t5n3iWuX59e0820c93ff3.png

点击样本信息按钮,查看信息

 

attachments-2017-10-RInvmGns59e0821b90d34.png

看是配对样本。可以选择limma进行分析。(由于我这个数据质量不是很好,所以这里我选择P<1),abs(log2FC))>1

然后样本类型列选择treatment,运行导出。

如果结果不好,可以反复的调整plfc进行结果优化。

 

attachments-2017-10-Er4sZ8Pt59e08229b0205.png

结果会有三个文件,第一个limma.txt格式如下

 

attachments-2017-10-RnfDPWrb59e082357d96c.png

第一列是基因id,第二列是log2(FC),第三列是表达值,第四列是t值,第五列是p值,第六列是调整之后的p值(fdr),第七列是B值。这个文件可以用于后面绘制火山图。

其中第一列、第二列,第六列是比较重要的指标。

然后看筛选出来的差异基因。也就是Diff.txt.

 

attachments-2017-10-neA9VQst59e08241c6a2f.png

重要的信息是第二列,第六列和最后一列。

然后看下TopExp.txt。这些是差异基因在各个样本中的表达情况,可以用于后面绘制热图。

 

attachments-2017-10-v8LSvj2K59e0824ca9e03.png

 

四、绘制火山图

打开生信人绘制火山图工具,选择PBS;-vs-MG;.limma.txt文件(因为我这个显著的不多,所以用全部的来绘制。)

然后通过调整点的大小调整图片,还是可以看到零星的几个点。

 

attachments-2017-10-MX2eZIAt59e08259576aa.png

 

五、绘制热图

绘制热图之前,打开topExp这个文件,修改id

 

attachments-2017-10-eoxpLLBL59e0826613cf8.png

选中第一列,将其复制到第二个表格或者空白处。

 

attachments-2017-10-y8PliWVq59e08272042da.png

选择对其进行分列,由于id之间是通过//分割,所以分列是选择/来分割,然后将gene_symble列复制到原图表中。

 

attachments-2017-10-Nz4iqr7p59e0827ed405e.png

结果如下

 

attachments-2017-10-YYBxUZdc59e0828bcdac9.png

打开聚类热图绘制工具,导入刚才处理完的表格。

 

attachments-2017-10-ToMoagtk59e0829700786.png

然后选中RowZ-score,默认欧式聚类进行聚类。

 

attachments-2017-10-PiZmPgoV59e082a2c800e.png

导出图片就ok了。

 

 

 

 

 

 

 


  • 发表于 2017-10-13 17:10
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  • 分类:软件工具

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张海伦
张海伦

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